系统内部股权转让印花税的缴纳流程如下：
(一)涉及的税目
1、卖方：涉及增值部份缴纳20%个人所得税、协议金额万分之五印花税
2、买方： 涉及缴纳协议金额万分之五印花税 。
(二)纳税流程
地税局税务所负责税款的征收工作。
(三)纳税、申报资料
1、个人股东变动情况报告表;
2、股东会(或董事会)决议;
3、股东股权转让协议;
4、股权原值凭证(或出资证明书);
5、费用凭证上;
6、个人所得税纳税申报表或扣缴个人所得税申报表;
7、转让股权个人的身份证件。