1.对于分公司发票，总公司是可以入账的，而总公司的发票，分公司未必可以入账。发票抬头要与公司营业执照名称一致，分公司没有法人营业执照，但会有非法人的营业执照，单独核算，所以名称必须一致。所以如果是分公司抬头发票总公司不可入账。总分公司的企业所得税是汇总纳税的，而企业所得税是法人税制，总公司的发票开成分公司的抬头是可以在企业所得税中扣除的。
2.法律依据：《中华人民共和国公司法》第十四条 公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《中华人民共和国发票管理办法》第十九条 销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票;特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。